En el plan de estudios de la maestría se definen 3 trayectorias, elegidas por el estudiante desde su ingreso a una de las orientaciones, de la siguiente manera:
| Semestre | Secundaria | Bachillerato | Superior |
| 1 | Sentido Numérico y Pensamiento Algebraico | Pensamiento Algebraico | Pensamiento Algebraico |
| Forma, Espacio y Medida | Pensamiento Geométrico | Pensamiento variacional | |
| Introducción a la Matemática Educativa | |||
| 2 | Manejo de la Información | Temas Selectos de Enseñanza de las Matemáticas del Nivel Bachillerato | Temas Selectos de Enseñanza de las Matemáticas del Nivel Superior |
| Tendencias de Investigación en Matemática Educativa | |||
| Desarrollo Profesional I | |||
| 3 | |||
| Problematización de la Enseñanza a partir de la Matemática Educativa | |||
| Proyecto de Desarrollo Profesional | |||
| Desarrollo Profesional II | |||
| 4 | |||
| Experiencias para el Desarrollo Profesional | |||
| Seminario para el trabajo recepcional | |||
Estas Unidades Didácticas, se clasifican a su vez en 3 ejes:
- Teórico – Metodológico: Antecedentes y emergencia de la Matemática Educativa; identificación de responsabilidades y problemas que atiende; conocimiento de las principales posturas teórico-metodológicas.
- Didáctico – Disciplinar: Dadas las diferencias del contenido matemático según la orientación elegida, pertenecen al bloque de unidades didácticas consideradas como optativas.
- De Desarrollo Profesional: Propiciar la mejora de la práctica profesional del profesor de matemáticas mediante la posibilidad de mejorar el aprendizaje de las matemáticas, a partir del proceso reflexivo y de acciones fundamentadas en los resultados de la investigación en Matemática Educativa teniendo como eje rector la práctica docente